思想背景的重要性也在这样一个事实中得到阐释：在道尔顿完成他的工作半个世纪后，另一个化学家路易斯·巴斯德（Louis Pasteur）借用了原子价的同样理念，进一步应用于生物学的领域。细胞理论与巴斯德的工作在某些方面比道尔顿的工作更具有革命性。因为他们将机体的观念引入到微生物的世界里。有一种倾向将原子作为仅能具有外部关系的最终的实有。这种想法在门捷列夫（Mendeleef）的元素周期律的影响下被打破了。但是巴斯德指出了机体理念在无穷小级[1]的决定性意义。天文学家向我们展示了宇宙有多大，化学家和生物学家向我们展示了宇宙有多小。在现代科学实践中有一著名的长度标准。它相当小，要取得这个长度，你必须将厘米分成一亿等份，然后取其中之一。巴斯德的机体比这个长度大多了。在原子方面，我们现在知道，这个长度对于某些机体而言还是大得不相符合了。
这一时期的另一对新理念都与转化或变化的理念有关，一个是能量转换理论，另一个是演化理论。
能量理论是说明变化之下量的守恒观念。演化理论是说明变化产生新机体的现象。能量理论属于物理学领域，演化理论属于生物学领域，尽管之前康德和拉普拉斯在讨论太阳和行星的形成时也曾触及过这个观念。