马皇后起自寒微，一直不忘本色，虽贵为皇后，却过着较为俭朴的生活。平时，她衣不重彩，多穿丝麻织成的练布，过去的破烂衣服什物也总是修补再用。但她并非吝啬，在许多地方，她十分大方。一次，朱元璋视察太学，马皇后听说太学生有几千人之多，便问他们的生活是怎样安排的。当她得知太学生是由国家供应饭食时，便说：“太学生虽免去了饥寒之虞，但他们的家属却不一定有生活保障，希望能给那些家境贫寒的太学生以补助，让他们的妻子老小不至挨饿受冻。”还特别建议设立了红板仓，积聚财物赠送生员的家属，以保证太学生无后顾之忧，安心读书。
朱元璋刚开始制造纸币时，屡次试制都不成功。一天，他梦见有人告诉他说，如果想制成纸币，必须取秀才的心肝来才行。梦醒之后他想道：“这难道是让我去杀读书人吗？”马皇后听他说了这个梦，就对皇帝说：“照我看来，秀才们所做的文章，就是他们心肝了。”皇帝听了很高兴，立刻命主管的官署找来秀才们进呈有关文章，加工来用，纸币果然就制造成功了。
在明朝建国初年，宰相胡惟庸谋反案应是最大的谋反案之一，其株连之广，在中国古代史上也是少见的。中国著名文学家、洪武朝大学士、太子朱标的老师宋濂因年纪已大，早已退隐林泉，离京师千里而居，但他的孙子宋慎知道胡惟庸谋反而未举报，就被株连逮捕到了京城。马皇后听了，连忙跑去对朱元璋说：“听说皇上要处死宋学士，不知是何缘故？”朱元璋说：“宋濂的长孙宋慎知情不报，形同谋反，属大逆不道之罪，按律当诛，且应祸灭九族！”马皇后求情说：“宋学士闲居浦江，早已不问政事，且离京城有千里之遥，根本不知其孙谋反的事，怎么能处他以死刑呢？”朱元璋对谋反之事恨之入骨，所以不听马皇后的劝告，拂袖而去。到了吃晚饭的时候，只见马皇后直落眼泪，朱元璋很奇怪，就问她是什么原因。马皇后说：“宋学士跟随皇上四十多年，德高望重，四海敬仰，又兼满腔赤诚，肝胆照人，出生入死，明昭目功。如今年逾古稀，却要受刀斧之刑，我哪里能吃得下这珍馐美味？”朱元璋听了这番话，被深深地打动了，就免了宋濂的死刑，改为发配茂州。