如果把5600名士兵看成是武器，那么，指挥使就是制造和维护武器的人，他没有权力使用武器，有权力使用武器的人必须是皇帝指派的人。这是有战争时指挥使的尴尬处境，即使平时，指挥使的权力也相当有限。卫所的部队平时要做的除了训练外，还要务农。中央政府会在他们的驻地附近划出一块地来(军屯区)，让他们来耕种，他们自己养活自己。在卫所制最健康的那些年，全国的卫所军士每年都能生产三亿公斤粮食，足以供养一百万军队，从而使中央政府节省了大量军费。
卫所军士和军官的身份都是世袭的，也就是说，你如果是军士，你的后代也必须有一个人是军士，你如果是军官，你的后代里也必须有一个人是军官。如果你倒霉，生的全是女儿，那政府就一直等着你，等你生出能当兵的男孩来为止。如果你真的太无能，那只好让你的亲戚来充数。
从政府的角度来看，卫所制度的好处是，将不知兵，兵不识将，不会有大将趁出征时造反。这是每天都处在恐惧中的独裁分子最喜欢的。卫所制还有个好处是，由于士兵在卫所是带着家人的，政府已经把他们的家人记录在册，所以他们为了养家，必然要努力耕种。当他们出去战斗时，由于牵挂家人，也必然竭尽全力地战斗，而不会逃跑。